處長之下置副處長 1人，襄助處長處理會務，主任工程師 1人，承處長之命處理工程技術事宜，並設工務、管理、財務、總務等 4組，各置組長 1人及人力資源、主計、輔導、資訊等 4室，各置主任 1人，承處長之命與副處長之指導推行各項業務。

　　此外於工務組之下並設設計股及工務股；於管理組下設灌溉股、督導股、水質股及水利行政股；於財務組下設徵收股、財產股及企劃股；於總務組下設文書股、事務股、採購股及出納股；於主計室下設歲計股及會計股；於人力資源室下設任免股及考核股。

　　為推展營運與管理，統籌調配水源，另設置 13個灌溉工作站，負責執行灌溉管理及設施維護等業務。

1. 代表本處。
2. 依法令及本處章程綜理業務。
3. 指揮監督所屬員工及事業機構。
4. 執行主管機關交辦或委辦事項。

1. 襄助處長處理會務。
2. 綜核文稿及重要業務之擬辦。
3. 有關業務之聯繫與協調及重要交辦案件之核擬。
4. 業務考核與改進事項。
5. 綜理協調跨組室之綜合事項。
6. 處長交辦事項。

1. 協助處長處理工程及管理方面技術性業務。
2. 水源運用及灌溉管理之督導及研究事項。
3. 工程之規劃、設計及營運之督導事項。
4. 審核工程計畫、設計、工程施工品質、進度之考核及督導事項。
5. 工程經費之編擬及工程招標、開標之督導事項。
6. 水源開發及農田水利事業效益之研究發展事項。
7. 處長交辦事項。

　　本處工務組分設計、工務二股，辦理水利工程之興辦、改善、復舊、水利設施維護，災害搶修及工程之規劃、測量、設計、考工、工事、驗收等事項。

　　本處管理組分灌溉、督導、水質、水利行政四股，辦理水資源開發、調配、營運、及灌溉排水設施、灌溉地等之管理、妨害及糾紛處理、基層水利小組業務等事項。

　　本處財務組分財產、徵收、 企劃三股，辦理農田水利事業作業基金非設施使用資產活化、收益等費用收入與房地產管理、處分及年度財務計畫、調度等事項。

　　本處總務組分文書、事務、出納、採購四股，辦理文書、印信典守、事務管理、出納、各項採購作業等事項。

　　本處人力資源室分任免、考核二股，辦理員工任免、待遇、福利、升遷、考核、獎懲、勤惰、訓練、退休、撫卹等事項。

　　本處主計室分歲計、會計二股，辦理編製年度預、決算，審核會計憑證，會計簿籍登記、使用與保管，報表及統計資料彙編陳報。

　　本處輔導室辦理公務機密維護、政風法令宣導、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉案件，維護機關設施安全及協助處理陳情請願事項。

　　本處資訊室辦理資訊業務整體規劃、系統開發、教育訓練、資訊資源管理、協調及維護工作等事項。

1. 小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、違規取締及防汛之搶險。
2. 小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。
3. 水利小組工作之指揮考核。
4. 水利糾紛之協調處理。
5. 水利政令及灌溉制度之推行。
6. 灌溉水質之監視處理。
7. 灌溉計畫之擬訂及執行。
8. 灌溉排水面積及其地籍資料之調查。
9. 灌溉管理組織交辦事項。

1. 灌溉用水分配。
2. 農田水利設施之小給水路、小排水路之維護、管理及修補。
3. 農田水利設施災害預防及搶救。
4. 有助於提升灌溉用水效率事項。
5. 其他灌溉管理組織指示辦理事項。

以上任務之執行受本處之監督指導。